清華大學台灣文學所創立於2002年8月，每年招收12名碩士生；2012年成立博士班，每年招收2名博士生，以及1-2名陸生、僑生或外籍生。2006年，本所與人社院其他單位合作成立「台灣研究教師在職進修碩士學位班」，開設國高中教師在職進修有關台灣文學教學現場運用的課程，並同時加強教師之專業知識。2010年開始，在人社院學士班設立「文學與創作學程」，通過各項理論性與實務性課程訓練，培養文藝創作與跨領域應用人才。在台灣，本所是唯一兼重研究、創作與教師進修三大面向之台灣文學系所。學術活動方面，本所每學期定期與台灣各大學舉辦研究生學術會議。2012年成立「台灣文學研究會」，作為台灣文學研究的重要平台，集結國內外專家學者進行台灣文學相關議題的座談，也是2016年成立的全國「台灣文學學會」的前身。2015年起，小說家王默人先生與周安儀女士資助成立了「王默人周安儀文學講座」，著重於創作與文學推廣，定期舉辦講座。 國際交流方面，自創所以來，本所每1-2年即辦理一場大型國際學術研討會，邀請中國、日本、韓國、香港、馬來西亞、美國等地學者共襄盛舉，在交流與對話中建立起一個跨國學術合作的研究平台，成效卓著。此外，本所師生也每年組織海外學術訪問團，出訪日本、韓國、香港等地，促進師生學術研究的國際互動，增加與國外學術單位交流切磋的機會。